Plusieurs annuaires peuvent être gérés dans WorkflowGen. Ceci est particulièrement utile lorsque le module de synchronisation est actif. Un annuaire peut être géré manuellement dans WorkflowGen tandis qu’un autre peut être synchronisé à un annuaire de référence (Active Directory, LDAP, etc.). Même si plusieurs annuaires sont utilisés, chaque username (nom d’utilisateur) doit être unique travers le système.